Münsingen entstand aus einem keltischen Dorf, welches 400 v. Chr. an dieser Stelle angesiedelt war. 1904 wurde beim Kiesabbau das Gräberfeld von Münsingen-Rain aus der Latènezeit entdeckt. Aus römischer Zeit stammen verschiedene Mauerreste. 1941 wurde südlich der Kirche ein Badegebäude mit Wandmalereien und Mosaikfussboden (Fische und Oceanus-Kopf) um 200 n. Chr. ausgegraben. Das Badehaus gehörte wohl zu einem römischen Gutshof.

Die Herkunft des heutigen Ortsnamens ist nicht geklärt, wird jedoch den Alemannen zugesprochen. Bis 1033 gehörte Münsingen zum hochburgundischen Königshof. Im 13. und 14. Jahrhundert unterstand Münsingen der Herrschaft der Ritter Senn, von welchen das heutige Gemeindewappen stammt. Deren bekanntester Vertreter war der Basler Bischof Johann Senn von Münsingen († 1365), in dessen Amtszeit u. a. das Erdbeben von Basel (1356) Stadt und Umgebung stark beschädigte.

1406 kaufte die Stadt Bern von den Grafen Berchtold und Egon von Neu-Kyburg die Rechte der Landgrafschaft Burgund. Damit kam Münsingen unter die Oberhoheit der Stadt. Bern teilte das Gebiet links und rechts der Aare in vier Landgerichte ein, die Landgerichte Sternenberg, Zollikofen, Konolfingen und Seftigen. Münsingen gehörte zum Landgericht Konolfingen. Manche Grundbesitzer, die Ausburger von Bern wurden, besassen immer noch die hohe Gerichtsbarkeit, den Blutbann, so auch in Münsingen. Bern suchte nach und nach die hohe Gerichtsbarkeit in solchen Herrschaften zu erwerben. Aus diesem Bestreben der Stadt, sich den Blutbann anzueignen, und aus der Weigerung der Herrschaftsherren, dieses Recht und andere Rechte sich entreissen zu lassen, erwuchs der Twingherrenstreit. Damals (1470) ging die hohe Gerichtsbarkeit von Münsingen an die Stadt Bern über.

Als wichtiger Versammlungsort machte Münsingen im 19. Jahrhundert während des Demokratisierungsprozesses im Kanton Bern Geschichte, so mit der Volksversammlung vom 10. Januar 1831 in der Kirche Münsingen, in der die Versammlung die Einberufung eines Verfassungsrates zur Schaffung einer neuen liberalen Kantonsverfassung verlangte. Diese Entschliessung hatte die Abdankung der patrizischen Restaurationsregierung und die Bildung einer liberalen Regierung zur Folge.

1895 wurde in Münsingen eine kantonale «Irrenanstalt» gegründet, die heute Psychiatriezentrum Münsingen heisst. Bekanntester Insasse war der Schweizer Schriftsteller Friedrich Glauser, der in seinen Kriminalromanen u. a. Matto regiert, die psychiatrischen Verhältnisse der 1920er Jahre literarisch verarbeitete.

2012 wurde die Eingemeindung der Gemeinde Trimstein per 1. Januar 2013 in die Gemeinde Münsingen beschlossen, per 1. Januar 2017 folgte die Gemeinde Tägertschi.

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